Certains kekkei genkai ne se logent pas dans les mains mais dans les yeux. Ce sont les dôjutsu. Ils ne produisent aucun élément : ils modifient la perception, puis, à haut niveau, la réalité elle-même. Trois d'entre eux forment le groupe des Grands Dôjutsu.
Le Sharingan du clan Uchiha s'éveille sous le coup d'une émotion violente et progresse par paliers, marqués par un, deux puis trois tomoe par œil. Il ralentit la perception des mouvements, rend visible le flux de chakra et permet de copier presque n'importe quelle technique observée. Il ouvre aussi la porte à l'hypnose, ce qui en fait un outil de genjutsu redoutable.
Au-dessus se trouve le Mangekyô Sharingan, éveillé dans un traumatisme extrême. Chaque porteur y développe des techniques uniques : Amaterasu et Tsukuyomi pour Itachi, le Kamui pour Kakashi, le Susanoo pour ceux qui l'ont réveillé dans les deux yeux. Le prix est lourd, puisque chaque usage rapproche de la cécité. Greffer les yeux d'un frère de sang donne le Mangekyô Éternel et stoppe la dégradation.
Le Byakugan du clan Hyûga fonctionne autrement. Il offre un champ de vision quasi sphérique, avec un unique angle mort à l'arrière du cou, une vision à travers les obstacles et un grossissement à grande distance. Surtout, il révèle le réseau de chakra et ses 361 tenketsu, ce qui rend le Poing Souple possible. Sa force est tactique plus que destructrice.
Le Rinnegan, œil aux cercles concentriques, domine la hiérarchie. Il donne accès aux Voies des Six Chemins, en réalité sept : Deva pour l'attraction et la répulsion, Asura pour l'armement mécanisé, Humaine pour l'âme et la mémoire, Animale pour les invocations, Preta pour l'absorption du chakra, Naraka pour l'interrogatoire et la restauration des corps, et la Voie Extérieure qui préside à la vie et à la mort. Nagato en a livré la démonstration la plus complète, en répartissant ces pouvoirs sur six cadavres.
Deux yeux plus rares complètent le tableau. Le Tenseigan apparaît lorsqu'un membre du clan Ôtsutsuki reçoit le Byakugan d'un Hyûga : Toneri l'obtient ainsi, et en tire un contrôle démesuré de l'attraction et de la répulsion. Le Jôgan, œil de Boruto, reste largement inexpliqué, mais il partage avec le Byakugan la faculté de voir le réseau de chakra.