Alcuni kekkei genkai non risiedono nelle mani, ma negli occhi. Sono i dōjutsu. Non producono elementi: modificano la percezione e, ai livelli più alti, la realtà stessa. Tre di essi formano il gruppo dei Grandi Dōjutsu.
Lo Sharingan del clan Uchiha si risveglia in seguito a un'emozione violenta e progredisce per stadi, segnati da uno, due e poi tre tomoe per occhio. Rallenta la percezione dei movimenti, rende visibile il flusso di chakra e permette di copiare quasi ogni tecnica osservata. Apre inoltre la strada all'ipnosi, rendendolo un formidabile strumento di genjutsu.
Al livello superiore si trova il Mangekyo Sharingan, risvegliato da un trauma estremo. Ogni portatore sviluppa tecniche uniche: Amaterasu e Tsukuyomi per Itachi, Kamui per Kakashi, Susanoo per chi lo ha risvegliato in entrambi gli occhi. Il prezzo è alto, poiché ogni utilizzo avvicina alla cecità. Il trapianto degli occhi di un fratello consanguineo dona il Mangekyo Eterno e arresta il deterioramento.
Il Byakugan del clan Hyuga funziona diversamente. Offre un campo visivo quasi sferico, con un unico punto cieco dietro il collo, la capacità di vedere attraverso gli ostacoli e un ingrandimento a lunga distanza. Soprattutto, rivela la rete del chakra e i suoi 361 tenketsu, rendendo possibile il Pugno Gentile. La sua forza è più tattica che distruttiva.
Il Rinnegan, occhio a cerchi concentrici, domina la gerarchia. Dà accesso alle Vie dei Sei Sentieri, che in realtà sono sette: Deva per attrazione e repulsione, Asura per gli armamenti meccanizzati, Umana per anima e memoria, Animale per le evocazioni, Preta per l'assorbimento del chakra, Naraka per l'interrogatorio e il ripristino dei corpi e la Via Esterna, che governa la vita e la morte. Nagato ne ha offerto la dimostrazione più completa distribuendo questi poteri fra sei cadaveri.
Due occhi più rari completano il quadro. Il Tenseigan compare quando un membro del clan Otsutsuki riceve il Byakugan di uno Hyuga: Toneri lo ottiene così e ne ricava un controllo smisurato di attrazione e repulsione. Il Jōgan, l'occhio di Boruto, resta in gran parte inspiegato, ma condivide con il Byakugan la capacità di vedere la rete del chakra.