Algunos kekkei genkai no residen en las manos sino en los ojos. Son los dojutsu. No producen ningún elemento: modifican la percepción y, a alto nivel, la realidad misma. Tres de ellos forman el grupo de los Grandes Dojutsu.
El Sharingan del clan Uchiha despierta bajo el efecto de una emoción violenta y progresa por escalones, marcados por uno, dos y luego tres tomoe por ojo. Ralentiza la percepción de los movimientos, hace visible el flujo de chakra y permite copiar casi cualquier técnica observada. Abre además la puerta a la hipnosis, lo que lo convierte en una herramienta de genjutsu temible.
Por encima está el Mangekyo Sharingan, despertado en un trauma extremo. Cada portador desarrolla en él técnicas únicas: Amaterasu y Tsukuyomi para Itachi, el Kamui para Kakashi, el Susanoo para quienes lo despertaron en ambos ojos. El precio es alto, ya que cada uso acerca a la ceguera. Injertarse los ojos de un hermano de sangre da el Mangekyo Eterno y detiene el deterioro.
El Byakugan del clan Hyuga funciona de otro modo. Ofrece un campo de visión casi esférico, con un único ángulo muerto en la nuca, visión a través de los obstáculos y aumento a gran distancia. Sobre todo, revela la red de chakra y sus 361 tenketsu, lo que hace posible el Puño Suave. Su fuerza es táctica más que destructiva.
El Rinnegan, ojo de círculos concéntricos, domina la jerarquía. Da acceso a los Seis Caminos, siete en realidad: Deva para la atracción y la repulsión, Asura para el armamento mecanizado, Humano para el alma y la memoria, Animal para las invocaciones, Preta para la absorción del chakra, Naraka para el interrogatorio y la restauración de los cuerpos, y el Camino Exterior, que preside la vida y la muerte. Nagato dio la demostración más completa, repartiendo estos poderes entre seis cadáveres.
Dos ojos más raros completan el cuadro. El Tenseigan aparece cuando un miembro del clan Otsutsuki recibe el Byakugan de un Hyuga: así lo obtiene Toneri, y de él saca un control desmedido de la atracción y la repulsión. El Jogan, el ojo de Boruto, sigue siendo en gran medida inexplicado, pero comparte con el Byakugan la facultad de ver la red de chakra.